В процессе работы над игрой Кодзима внёс серьёзные изменения в сюжет — не из-за багов или баланса, а из-за того, что тестерам игра показалась слишком хорошей. Об этом рассказал музыкант Woodkid — он трудился над саундтреком игры.

По его словам, Кодзима был обеспокоен тем, что игра не вызывает противоречий и «слишком легко» нравится аудитории. Чтобы усилить эмоциональный эффект и избежать ощущения предсказуемости, геймдизайнер переписал важные сцены и изменил сценарий. Он стремится к тому, чтобы игроки сначала сомневались в увиденном, а потом — уже через внутреннюю трансформацию — действительно полюбили эти моменты.